PAX-5 kodiert für das B-Zell-spezifische Aktivatorprotein (BSAP), einen Marker für B-Zellen, einschließlich B-lymphoblastischer Neoplasien sowie verschiedener Reifungsstadien. Es wird in den meisten Fällen von reifen und Vorläufer-B-Zell-Non-Hodgkin-Lymphomen/-Leukämien nachgewiesen. In etwa 97 % der Fälle des klassischen Hodgkin-Lymphoms exprimieren Reed-Sternberg-Zellen PAX-5. PAX-5 wird nicht beim multiplen Myelom und solitären Plasmozytom exprimiert, was es für die entsprechende Differentialdiagnose nützlich macht. Diffus großzellige B-Zell-Lymphome exprimieren in der Regel PAX-5, mit Ausnahme solcher mit terminaler B-Zell-Differenzierung. T-Zell-Neoplasien zeigen keine Färbung mit Anti-PAX-5. Es besteht eine enge Assoziation mit der CD20-Expression.